По приказу императора Максимиана (305–311) святитель Петр был схвачен и осужден на смертную казнь. Множество людей собралось у входа в темницу, выражая свое негодование. Желая избежать народного мятежа и кровопролития, святитель направил властям письмо, в котором предлагал разобрать заднюю стену темницы с тем, чтобы его смогли тайно от народа вывести на казнь. Темной ночью святой Петр cам вышел навстречу палачам, которые вывели его за городские стены и обезглавили на том же самом месте, где некогда был казнен святой апостол Марк, а голос с неба, который слышала одна святая дева в эту ночь, возвестил: "Петр – начало апостолов, Петр – конец александрийских мучеников". Это произошло в 311 году.

Утром, узнав о кончине своего епископа, толпы людей направились к месту казни, взяли тело и голову мученика, принесли в церковь и, облачив в епископские одежды, посадили на время отпевания на горнем месте. При жизни святой Петр садился лишь на подножие его, потому что, по словам святителя, видел Божественный свет, окружающий горнее место, и не дерзал по смирению всходить на него.